Филиал был зарегистрирован в связи с  изменением адреса места нахождения Головной Конторы Банка с г. Санкт-Петербург на г.Москва. В состав филиала вошли 26 отделений, агентств и операционных касс в Санкт-Петербурге. Директором Санкт-Петербургского филиала назначена Старший Вице-Президент Банка Ольга Яковлева. Комментарий Ольги Яковлевой: "Наши клиенты в Санкт-Петербурге  не почувствуют никаких неудобств. Номера банковских счетов и счетов по вкладам не меняются. Обязательства по заключенным Договорам Балтийского Банка остаются неизменными, и их исполнение будет осуществляться Санкт-Петербургским филиалом".