Банк был зарегистрирован Госбанком РСФСР в 1990 году как паевой КБ «Ангарский» в соответствующем городе. 

В 1990-х годах в числе ключевых акционеров кредитной организации значился ОНЭКСИМ Банк, который в 2000 году был присоединен к Росбанку, после чего с 2003 года «Ангарский» получил наименование АКБ «БайкалОНЭКСИМ Банк». 

В марте 2005 года банк вошел в систему страхования вкладов.

В мае 2007 года наименование кредитной организации было вновь изменено – на БайкалРосбанк, а уже в конце указанного года фининститут получил действующее наименование – БайкалИнвестБанк, после того как в его капитал вместо Росбанка вошел московский (ранее калининградский) Инвестбанк. 

В 2012 году Инвестбанк вышел из состава акционеров БайкалИнвестБанка.

В ноябре 2018 года началась процедура присоединения московского банка «Реалист» к БайкалИнвестБанку. 

На 1 ноября 2019 года объем нетто-активов кредитной организации составил 13,1 млрд рублей, объем собственных средств – 2,8 млрд рублей. За январь – октябрь 2019 года банк демонстрирует прибыль в размере 157,3 млн рублей.

Лицензия ЦБ РФ № 1067